Tại vòng 3 J-League Cup 2024, Công Phượng được trao cơ hội ra sân từ băng ghế dự bị vào phút 41. Tuy vậy, tiền đạo Việt Nam chỉ có vỏn vẹn 16 phút thi đấu, trước khi bị rút ra ở phút 57.
Quyết định của HLV Shuhei Yomoda vấp phải tranh cãi từ NHM Việt Nam: "HLV chơi ác thật, mà không cho người ta cơ hội thì đá đấm sao được. Rồi cho người ta cơ hội thể hiện thì lại cho cho 16 phút... 16 phút thì làm được cái gì đâu. Tiếc cho Phượng", "Thay Phượng vào thì rút ngắn được tỷ số, rút ra cái hiện nguyên hình tiếp ngay"....
Chung cuộc, Yokohama chịu thất bại 1-3, qua đó dừng chân giải đấu lần này. Cá nhân Công Phượng có tổng cộng 84 phút sau 2 trận.
Phát biểu sau trận, HLV Yomoda giải thích lý do sớm rút Công Phượng: "Công Phượng gặp vấn đề ở bắp chân. Thật đáng tiếc, nhưng chúng tôi cần chờ kiểm tra để nắm chi tiết tình hình"
Việc có quá ít thời gian thi đấu khiến Công Phượng có nguy cơ lỡ hẹn trong đợt tập trung sắp tới của đội tuyển Việt Nam. HLV Kim Sang-sik đánh giá cao năng lực cựu sao HAGL, song chiến lược gia Hàn Quốc chỉ triệu tập dựa trên phong độ hiện tại.
