Đầu quân cho CLB Long An từ mùa giải 2016, tiền vệ Huỳnh Thiện Nhân đã nhanh chóng trở thành một cái tên nổi bật nơi hàng tuyến giữa. Sở hữu khả năng quan sát nhạy bén và có thể tung ra những đường chuyền chính xác cao, anh thường xuyên có mặt trong đội hình ra sân của đại diện miền Tây Nam Bộ
Ở V-League 2016, cầu thủ gốc Đồng Tháp đã thi đấu 19 trận (15 chính thức, 4 ra sân từ ghế dự bị), đến mùa giải 2017, anh được tung ra sân 13 lần (7 chính thức, 6 từ ghế dự bị). Tiến bộ qua từng trận đấu, Thiện Nhân đã phần nào tái hiện lại hình ảnh của cựu công thần bóng đá Long An Nguyễn Minh Phương ngày nào nơi hàng tiền vệ.
Sau khi cùng CLB Long An xuống chơi tại giải Hạng Nhất 2018, số 7 đã dần đánh mất suất đá chính và chỉ được trọng dụng ở những vòng đấu cuối. Để rồi anh quyết định nói lời chia tay với "Những chú Trâu thiện chiến" sau khi hợp đồng kết thúc ở cuối mùa giải.
Và mới đây, cựu tuyển thủ U22 Việt Nam (năm 2012, dưới thời HLV Triệu Quang Hà) đã "bén duyên" với đội bóng quê hương - CLB Đồng Tháp với hợp đồng 1 năm. Với việc bổ sung Thiện Nhân, đoàn quân HLV Trần Công Minh đã có một tân binh chất lượng ở trung tâm hàng tiền vệ, sẵn sàng cho mục tiêu thăng hạng V-League 2020.